tooluniverse-protein-therapeutic-design

Umożliwia projektowanie nowych białek terapeutycznych (wiążące, enzymy, rusztowania) przy użyciu algorytmów AI. Narzędzie łączy RFdiffusion do generowania szkieletu białka, ProteinMPNN do optymalizacji sekwencji oraz ESMFold i AlphaFold2 do walidacji strukturalnej. Idealne do projektowania białek wiążących, białek terapeutycznych i inżynierii funkcji białkowej. Wyniki zawierają sekwencje gotowe do eksperymentalnego testowania.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude/Copilot, dodając repozytorium ToolUniverse do dostępnych narzędzi.

2. Przygotuj opis celu projektowania: określ, jaką strukturę docelową chcesz, aby białko się wiązało, czy projektując wiążące (nanociała, peptydy) czy większe białka projektowane. Opisz wymagania dotyczące stabilności, immunogeniczności i wytwarzalności.

3. Poproś narzędzie o zaprojektowanie białka, podając szczegóły interakcji docelowej — na przykład: "Zaprojektuj białko wiążące do domeny białka X" lub "Stwórz rusztowanie białkowe o określonej geometrii".

4. Narzędzie wygeneruje szkielet strukturalny za pomocą RFdiffusion, a następnie zoptymalizuje sekwencję aminokwasów przy użyciu ProteinMPNN, biorąc pod uwagę właściwości terapeutyczne.

5. Zweryfikuj zaproponowany projekt — narzędzie przewidzi strukturę 3D za pomocą ESMFold lub AlphaFold2 i oceni projekt na podstawie metryk pewności.

6. Otrzymaj sekwencję białka gotową do eksperymentalnego testowania wraz z oceną jakości projektu i rekomendacjami dotyczącymi dalszych optymalizacji.