tooluniverse-protein-structure-retrieval
Pobierz struktury białek z baz PDB i AlphaFold z oceną jakości i pełnymi metadanymi
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Narzędzie do pobierania danych o strukturach białek z RCSB PDB, PDBe i AlphaFold. Automatycznie rozpoznaje białka po identyfikatorach PDB (4-znakowe kody jak 1ABC) lub numerach UniProt, ocenia jakość danych krystalograficznych i modeli AlphaFold, a następnie generuje szczegółowe raporty ze wszystkimi metadanymi eksperymentalnymi, informacjami o ligandach i linkami do pobrania. Idealne dla badaczy zajmujących się bioinformatyką, projektowaniem leków i strukturą białek.
Jak używać
Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude/Copilot, dodając ToolUniverse Protein Structure Retrieval do dostępnych narzędzi.
Podaj białko do przeszukania — możesz użyć identyfikatora PDB (czteroznakowy kod jak 1ABC), numeru UniProt (np. P12345) lub nazwy białka z organizmem (np. "insulina człowieka"). Jeśli nazwa jest niejednoznaczna, narzędzie zapyta o uściślenie.
Narzędzie automatycznie rozróżnia białko i wyszukuje struktury eksperymentalne w bazach RCSB i PDBe oraz przewidywane struktury w AlphaFold. Nie zgaduje — zawsze potwierdza dostępność danych.
Otrzymasz szczegółowy raport zawierający rozdzielczość (dla danych rentgenowskich i krioEM), wartości pLDDT (dla AlphaFold), metadane eksperymentalne, informacje o ligandach i linki do pobrania modeli 3D.
Użyj oceny jakości do interpretacji wyników — struktury rentgenowskie poniżej 2 Å są wysokiej jakości do projektowania leków, krioEM 3-4 Å dobrze pokazuje fold, a AlphaFold jest niezawodny dla domen uporządkowanych, ale może być niedokładny dla regionów nieustrukturyzowanych.
Pobierz wybrane struktury w formatach PDB lub mmCIF za pomocą dostarczonych linków, gotowe do analizy w programach do wizualizacji molekularnej.