scvi-tools

Skill do zaawansowanej analizy genomiki pojedynczych komórek oparty na frameworku scvi-tools. Obsługuje integrację i korekcję batch'y (scVI/scANVI), analizę ATAC-seq (PeakVI), wielomodalną analizę CITE-seq (totalVI), analizę multiome RNA+ATAC (MultiVI), dekonwolucję transkryptomiki przestrzennej (DestVI), transfer etykiet i mapowanie referencyjne (scArches) oraz prędkość RNA (veloVI). Wybierz odpowiedni model na podstawie typu danych i celu analizy – skill automatycznie prowadzi Cię przez kroki konfiguracji i wykonania.

1. Zidentyfikuj typ danych i cel analizy – sprawdź tabelę modeli w dokumentacji, aby wybrać odpowiedni algorytm (scVI dla integracji nienadzorowanej, scANVI dla transferu etykiet, PeakVI dla ATAC-seq, totalVI dla CITE-seq, MultiVI dla multiome, DestVI dla transkryptomiki przestrzennej, veloVI dla prędkości RNA).

2. Przygotuj środowisko – zapoznaj się z plikiem references/environment_setup.md w repozytorium, aby zainstalować scvi-tools i skonfigurować obsługę GPU, jeśli jest dostępna.

3. Wczytaj odpowiedni plik referencyjny – każdy model ma dedykowany plik w katalogu references/ zawierający szczegółowe kroki, parametry i przykłady kodu dla Twojego wariantu analizy.

4. Wykorzystaj gotowe skrypty – katalog scripts/ zawiera przygotowane funkcje do typowych operacji, aby uniknąć pisania kodu od zera i przyspieszyć pracę.

5. W razie problemów z instalacją lub GPU konsultuj references/troubleshooting.md – zawiera rozwiązania dla częstych błędów i wskazówki diagnostyczne.

6. Uruchom analizę – postępuj zgodnie z wybranym workflow, dostosowując parametry do specyfiki Twoich danych i pytania badawczego.