scanpy
Analiza danych RNA-seq pojedynczych komórek z kontrolą jakości, klastrowaniem i identyfikacją typów komórek
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Scanpy to narzędzie do analizy danych z sekwencjonowania RNA pojedynczych komórek. Załaduj dane w formacie .h5ad lub 10X, wykonaj kontrolę jakości i normalizację, a następnie zastosuj redukcję wymiarowości (PCA, UMAP, t-SNE), klasterowanie Leiden, identyfikację genów markerowych i anotację typów komórek. Narzędzie wspiera również analizę trajektorii i pseudoczasu. Idealne dla badaczy genomiki, którzy chcą przeprowadzić pełny przepływ pracy analizy scRNA-seq od surowych danych do publikacyjnych wizualizacji.
Jak używać
Zainstaluj Scanpy razem z jego zależnościami (numpy, pandas, matplotlib) w swoim środowisku Python. Upewnij się, że masz dostęp do biblioteki AnnData, która stanowi podstawę struktury danych w Scanpy.
Przygotuj swoje dane w jednym z obsługiwanych formatów: .h5ad (natywny format AnnData), 10X Genomics (pliki .h5 lub macierz mtx), lub CSV. Jeśli posiadasz dane z 10X, użyj funkcji sc.read_10x_h5() lub sc.read_10x_mtx() do załadowania; dla plików .h5ad użyj sc.read_h5ad(); dla CSV użyj sc.read_csv().
Załaduj dane do obiektu AnnData i skonfiguruj ustawienia Scanpy (verbosity, parametry rysunków, katalog wyjściowy). Obiekt AnnData zawiera macierz ekspresji (X), metadane komórek (obs), metadane genów (var) oraz wyniki analiz (obsm, uns).
Przeprowadź kontrolę jakości i normalizację danych, aby przygotować je do analiz. Scanpy udostępnia funkcje do filtrowania komórek i genów, normalizacji liczb odczytów oraz transformacji logarytmicznej.
Zastosuj redukcję wymiarowości, wybierając spośród PCA, UMAP lub t-SNE, aby zwizualizować strukturę danych. Następnie wykonaj klasterowanie Leiden, aby zidentyfikować grupy komórek o podobnych profilach ekspresji genów.
Zidentyfikuj geny markerowe dla każdego klastra, dokonaj anotacji typów komórek na podstawie ekspresji znanych markerów, i jeśli jest to istotne, przeprowadź analizę trajektorii do badania zmian biologicznych między komórkami.