neuropixels-analysis
Analiza nagrań neuronalnych Neuropixels od surowych danych do publikacyjnie gotowych jednostek
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umożliwia pełny przepływ pracy analizy wysokogęstościowych nagrań neuronalnych Neuropixels. Załaduj dane z SpikeGLX, Open Ephys lub formatu NWB, przeprowadź preprocessing, korekcję dryfu, sortowanie spike'ów algorytmem Kilosort4 oraz kurację jednostek według standardów Allen Institute i International Brain Laboratory. Narzędzie wspiera sondy Neuropixels 1.0 i 2.0, oblicza metryki jakości (SNR, ISI violations, presence ratio) i generuje wizualizacje gotowe do publikacji.
Jak używać
Przygotuj dane nagrań neuronalnych w formacie obsługiwanym przez skill — SpikeGLX (.ap.bin, .lf.bin, .meta), Open Ephys (.continuous, .oebin) lub NWB (.nwb). Upewnij się, że posiadasz metadane dotyczące użytej sondy (Neuropixels 1.0 lub 2.0).
Załaduj dane za pomocą odpowiedniego czytnika — dla SpikeGLX użyj si.read_spikeglx(), dla Open Ephys si.read_openephys(), dla NWB si.read_nwb(). Skill automatycznie rozpozna format na podstawie rozszerzenia pliku.
Przeprowadź preprocessing nagrania — zastosuj filtrowanie, Common Average Reference (CAR) oraz automatyczną detekcję kanałów uszkodzonych. W tym kroku skill koryguje również dryf i ruchy artefakty w zapisie.
Uruchom spike sorting za pomocą Kilosort4 lub alternatywnych algorytmów (SpykingCircus2, Mountainsort5). Skill obsługuje pełną konfigurację parametrów sortowania dla różnych geometrii sond.
Oblicz metryki jakości dla każdej wykrytej jednostki — SNR, wskaźnik naruszeń ISI, presence ratio i inne parametry. Skill automatycznie stosuje kryteria kuracji Allen/IBL do oceny wiarygodności jednostek.
Wyeksportuj wyniki do formatu Phy do wizualnej inspekcji lub do NWB do archiwizacji — dane są gotowe do dalszej analizy lub publikacji.