medchem
Filtruj molekuły według reguł farmaceutycznych i wykrywaj strukturalne zagrożenia w bibliotekach związków.
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Medchem to biblioteka Pythona do filtrowania i priorytetyzacji molekuł w odkrywaniu leków. Zastosuj ustalone reguły drug-likenessa (Lipinski, Veber, Oprea, CNS), filtry PAINS, alerty strukturalne i metryki złożoności do szybkiej selekcji i oceny jakości bibliotek związków. Narzędzie wspiera badaczy w identyfikacji obiecujących kandydatów na leki poprzez automatyczną ocenę właściwości chemicznych i detekcję problematycznych grup funkcyjnych.
Jak używać
Zainstaluj bibliotekę medchem za pomocą menedżera pakietów: uv pip install medchem. Upewnij się, że masz zainstalowany Python i dostęp do narzędzi do zarządzania zależnościami.
Zaimportuj moduł medchem i przygotuj listę cząsteczek w formacie SMILES (notacja tekstowa struktur chemicznych). Możesz pracować z pojedynczymi łańcuchami SMILES lub załadować całe biblioteki przy użyciu biblioteki datamol do konwersji na obiekty molekularne.
Zastosuj pojedynczą regułę drug-likenessa do SMILES-a, na przykład Rule of Five (Lipinski) dla aspiryny. Funkcja zwraca wartość logiczną (True/False) wskazującą, czy cząsteczka spełnia kryteria.
Dla bardziej zaawansowanej analizy użyj klasy RuleFilter do jednoczesnego zastosowania wielu reguł (Rule of Oprea, Rule of CNS, Rule of Veber i innych). Pozwala to na szybką filtrację całych bibliotek według wybranych kryteriów.
Oceń wyniki filtrowania i priorytetyzuj związki na podstawie liczby spełnionych reguł oraz wykrytych alertów strukturalnych. Pamiętaj, że reguły są wytycznymi — zawsze łącz wyniki z wiedzą ekspertów w dziedzinie chemii medycznej.