matchms

Matchms to biblioteka Python do przetwarzania i analizy danych spektrometrii masowej. Wczytuj spektra z formatów mzML, MGF, MSP i JSON, standaryzuj metadane, filtruj piki, obliczaj podobieństwo spektralne (cosine, modified cosine) i buduj powtarzalne przepływy analityczne. Idealna dla metabolomiki i badań MS.

1. Zainstaluj matchms za pomocą pip: pip install matchms. Biblioteka wymaga Pythona 3.7+.

2. Wczytaj dane spektrometryczne z wybranego formatu. Użyj load_from_mgf() dla plików MGF, load_from_mzml() dla mzML, load_from_msp() dla MSP lub load_from_json() dla JSON. Każda funkcja zwraca listę spektr gotowych do przetwarzania.

3. Zastosuj filtry harmonizacyjne za pomocą default_filters(), aby ustandaryzować metadane spektr. Funkcja automatycznie czyści i normalizuje pola metadanych.

4. Przefiltruj piki spektralne używając select_by_relative_intensity() lub require_minimum_number_of_peaks(). Normalizuj intensywności za pomocą normalize_intensities().

5. Oblicz podobieństwo między spektrami, korzystając z dostępnych metryk (cosine similarity, modified cosine). Wyniki możesz wykorzystać do identyfikacji związków lub grupowania spektr.

6. Wyeksportuj przetworzone dane w wybranym formacie: save_as_mgf(), save_as_msp() lub save_as_json(). Zapisane pliki możesz następnie użyć w dalszych analizach lub udostępnić innym narzędziom.