anndata

AnnData to pakiet Pythona do obsługi adnotowanych macierzy danych, łączący pomiary eksperymentalne z metadanymi obserwacji i zmiennych. Przechowuje dane w formacie h5ad, obsługuje macierze rzadkie i duże zbiory danych. Narzędzie integruje się z ekosystemem scverse, w tym Scanpy, scvi-tools i cellxgene-census. Użyj tej umiejętności do tworzenia, czytania i transformacji obiektów AnnData, zarządzania danymi z analiz RNA-seq komórek pojedynczych, łączenia wielu eksperymentów oraz filtrowania i subsettowania zbiorów danych.

1. Zainstaluj pakiet AnnData za pomocą menedżera pakietów: uv pip install anndata. Jeśli potrzebujesz dodatkowych zależności do rozwoju i testowania, użyj uv pip install anndata[dev,test,doc].

2. Zaimportuj niezbędne biblioteki w swoim skrypcie Pythona: import anndata as ad, numpy as np oraz pandas as pd. Te moduły pozwolą ci pracować z macierzami danych i metadanymi.

3. Utwórz obiekt AnnData z macierzą eksperymentalnych pomiarów (X). Minimalnie wystarczy tablica NumPy o wymiarach komórki × geny, na przykład X = np.random.rand(100, 2000) dla 100 komórek i 2000 genów.

4. Dodaj metadane obserwacji (obs) i zmiennych (var) jako ramki danych Pandas. Metadane obserwacji mogą zawierać typ komórki czy próbkę, a metadane zmiennych mogą zawierać nazwy genów i identyfikatory Ensembl.

5. Połącz macierz i metadane w jeden obiekt AnnData: adata = ad.AnnData(X=X, obs=obs, var=var). Obiekt ten przechowuje wszystkie dane w jednej strukturze gotowej do analizy.

6. Odczytaj lub zapisz dane w formacie h5ad za pomocą metod read_h5ad() i write_h5ad(). Możesz teraz integrować swoje dane z narzędziami ekosystemu scverse do dalszej analizy, modelowania probabilistycznego lub zapytań na skalę populacji.