uniprot-database

Umożliwia bezpośredni dostęp do REST API UniProt, największej na świecie bazy danych sekwencji białkowych i informacji funkcjonalnych. Wyszukuj białka po nazwie, genie lub numerze dostępu, pobieraj sekwencje w formacie FASTA, mapuj identyfikatory między UniProt a innymi bazami (Ensembl, RefSeq, PDB), oraz przeglądaj adnotacje białkowe w tym terminy GO i domeny funkcjonalne. Idealna dla bioinformatyków pracujących z Pythonem, którzy potrzebują precyzyjnej kontroli nad zapytaniami do UniProt lub integracji z przepływami analitycznymi.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude lub Codex, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates w ścieżce cli-tool/components/skills/scientific/uniprot-database. 2. Przygotuj zapytanie do wyszukiwania białek — możesz użyć naturalnego języka (np. "insulin w człowieku") lub strukturalnej składni UniProt (np. "insulin AND organism_name:"Homo sapiens""). 3. Wywołaj endpoint wyszukiwania API: https://rest.uniprot.org/uniprotkb/search?query={twoje_zapytanie}&format={format}. Obsługiwane formaty to JSON, TSV, Excel, XML, FASTA, RDF i TXT — wybierz format zależnie od potrzeb (FASTA dla sekwencji, JSON dla strukturyzowanych danych). 4. Aby pobrać konkretne białko, użyj jego numeru dostępu (accession) w zapytaniu lub bezpośrednio w URL-u — na przykład accession:P12345 wyszuka białko o tym identyfikatorze. 5. Do mapowania identyfikatorów między UniProt a innymi bazami (Ensembl, RefSeq, PDB) użyj endpointu ID mapping — podaj identyfikator źródłowy, bazę źródłową i docelową. 6. Dla zaawansowanych analiz możesz filtrować wyniki po reviewed (Swiss-Prot) vs. unreviewed (TrEMBL), długości sekwencji, taksonomii, terminach GO lub domenach — wszystkie te opcje obsługuje API UniProt.