tooluniverse-sequence-retrieval
Pobieraj sekwencje DNA, RNA i białek z baz NCBI i ENA z automatycznym rozpoznawaniem genów
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umiejętność do pobierania sekwencji biologicznych z międzynarodowych baz danych. Obsługuje sekwencje DNA, RNA i białkowe, automatycznie rozpoznaje geny w różnych organizmach, weryfikuje numery dostępu (GenBank, RefSeq, EMBL) i generuje szczegółowe raporty z metadanymi, referencjami krzyżowymi oraz opcjami pobierania. Idealna dla badaczy, którzy pracują z danymi genomowymi i potrzebują niezawodnego dostępu do sekwencji z preferowaniem kurowanych źródeł RefSeq.
Jak używać
Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku agenta, dodając ją do konfiguracji MCP server.
Gdy potrzebujesz sekwencji biologicznej, podaj agentowi wyraźnie: nazwę genu, organizm (nazwa naukowa), typ sekwencji (genomowa, mRNA lub białko) oraz numer dostępu, jeśli go posiadasz (np. GenBank, RefSeq, EMBL).
Agent najpierw wyjaśni niejednoznaczności — jeśli gen występuje w wielu organizmach lub typ sekwencji jest niejasny, poprosi o potwierdzenie. Pomiń ten krok, jeśli podałeś konkretny numer dostępu lub pełną kombinację organizmu i genu.
Umiejętność automatycznie wybierze właściwą bazę danych (NCBI dla RefSeq i GenBank, ENA dla formatów EMBL) na podstawie prefiksu numeru dostępu. Preferuje kurowane sekwencje RefSeq (NM_/NP_) przed przewidywanymi (XM_/XP_) i GenBank.
Pobierz sekwencję i otrzymaj szczegółowy raport zawierający metadane, wersję sekwencji, referencje krzyżowe do innych baz oraz opcje pobrania pliku w standardowych formatach.
Zawsze używaj angielskich nazw genów w zapytaniach do narzędzia — agent automatycznie przetłumaczy Twoją polską prośbę na angielskie terminy wyszukiwania.