tooluniverse-sdk

ToolUniverse SDK to biblioteka Pythona, która otwiera dostęp do ponad tysiąca narzędzi naukowych dla badaczy. Używaj jej do odkrywania leków, analizy białek, genomiki, przeszukiwania literatury i innych zadań bioinformatyki. SDK oferuje trzy sposoby wywoływania narzędzi: prostą API słownikową, funkcyjną (rekomendowaną do pracy interaktywnej) i bezpośrednią instancjację klas. Idealna do budowania zautomatyzowanych potoków badawczych i przeprowadzania analiz biologicznych na dużą skalę.

1. Zainstaluj pakiet poleceniem pip install tooluniverse. Jeśli potrzebujesz wyszukiwania przez embeddingi, użyj pip install tooluniverse[embedding], lub pip install tooluniverse[all] dla pełnego zestawu funkcji.

2. Ustaw zmienne środowiskowe: export OPENAI_API_KEY="sk-..." (wymagane do wyszukiwania narzędzi) i opcjonalnie export NCBI_API_KEY="..." dla dostępu do baz NCBI.

3. Zaimportuj bibliotekę i zainicjuj ToolUniverse: from tooluniverse import ToolUniverse oraz tu = ToolUniverse(). Następnie załaduj narzędzia poleceniem tu.load_tools() — ten krok jest obowiązkowy przed każdym użyciem.

4. Wyszukaj odpowiednie narzędzia dla swojego zadania, na przykład: tu.run({"name": "Tool_Finder_Keyword", "arguments": {"description": "protein structure", "limit": 10}}).

5. Wykonaj narzędzie, wybierając jedną z dwóch metod: API słownikową tu.run({"name": "UniProt_get_entry_by_accession", "arguments": {"accession": "P05067"}}) lub funkcyjną tu.tools.UniProt_get_entry_by_accession(accession="P05067"). Druga metoda jest wygodniejsza w pracy interaktywnej.

6. Do przetwarzania wielu narzędzi jednocześnie użyj tu.run_batch() z listą wywołań — każde zawierające nazwę narzędzia i argumenty — aby uzyskać wyniki dla całej partii.