tooluniverse-expression-data-retrieval

Skill do pobierania eksperymentów ekspresji genów i wieloomicznych zbiorów danych z publicznych repozytoriów ArrayExpress i BioStudies. Automatycznie rozpoznaje numery akcesji (E-MTAB, E-GEOD, S-BSST), ujednoznacznia nazwy genów, ocenia jakość eksperymentów i generuje szczegółowe profile zbiorów z metadanymi, informacjami o próbkach i linkami do pobrania. Idealne dla badaczy pracujących z danymi genomicznymi, którzy chcą szybko znaleźć i zweryfikować dostępne eksperymenty.

1. Zainstaluj skill w swoim środowisku ToolUniverse, upewniając się, że masz dostęp do bibliotek wymaganych do obsługi zapytań genomicznych. 2. Gdy potrzebujesz danych ekspresji genów, podaj nazwę genu, tkankę, warunek badawczy lub bezpośrednio numer akcesji z ArrayExpress (np. E-MTAB-12345, E-GEOD-98765) lub BioStudies (np. S-BSST-54321). Jeśli Twoje zapytanie jest niejasne — na przykład nazwa genu ma wiele wariantów lub nie podałeś organizmu — skill poprosi o wyjaśnienie. 3. Skill automatycznie rozpoznaje oficjalny symbol genu (dla człowieka używa HGNC, dla myszy MGI) i konstruuje optymalną kwerendę wyszukiwania. Zawsze komunikuje się z repozytoriami w języku angielskim, niezależnie od języka Twojego zapytania. 4. System wyszukuje i pobiera metadane eksperymentu, ocenia jego jakość oraz zbiera informacje o próbkach i warunkach badawczych. 5. Otrzymujesz szczegółowy profil zbioru danych zawierający metadane eksperymentu, listę próbek, linki do pobrania plików oraz ocenę wiarygodności danych. 6. Możesz natychmiast przystąpić do analizy lub dalszego przetwarzania pobranych danych genomicznych.