string-protein-interaction-analysis-with-omicverse

Umożliwia Claude'owi zapytanie bazy danych STRING o interakcje białko-białko, zbudowanie grafów PPI przy użyciu biblioteki pyPPI i wizualizację stylizowanych sieci dla bulk list genów. Narzędzie wspomaga eksplorację interakcji poprzez wybór gatunku, zapytania API STRING, konstruowanie sieci i renderowanie wykresów sieciowych. Idealny dla badaczy genomiki i bioinformatyki pracujących z danymi proteomicznymi.

1. Zainstaluj omicverse i zaimportuj bibliotekę: import omicverse as ov, a następnie zastosuj styl wizualizacji poleceniem ov.style() lub ov.plot_set().

2. Przygotuj listę genów do analizy, usuwając duplikaty i weryfikując, że zawiera co najmniej 2 geny wymagane do analizy interakcji. Możesz użyć list(dict.fromkeys(gene_list)) aby zachować oryginalną kolejność.

3. Utwórz słowniki metadanych mapujące każdy gen na typ (np. "Lipid_synthesis", "Lipid_transport") i kolor heksadecymalny (np. "#F7828A"). Każdy gen z listy musi pojawić się w obu słownikach dla poprawnego renderowania legendy.

4. Wykonaj zapytanie do bazy STRING poleceniem ov.bulk.string_interaction(gene_list, species_id), gdzie species_id to identyfikator NCBI gatunku. Sprawdź wynikowy DataFrame pod kątem combined_score i kanałów dowodów, aby potwierdzić pokrycie danych.

5. Skonstruuj obiekt PPI przy użyciu ov.bulk.pyPPI() z parametrami: lista genów, słownik typów genów, słownik kolorów i identyfikator gatunku.

6. Wygeneruj wizualizację sieci poleceniami ppi.interaction_analysis() do analizy interakcji i ppi.plot_network() do renderowania stylizowanego wykresu sieciowego.