string-database

Umiejętność do pracy z bazą STRING — największą bazą znanych i przewidywanych interakcji białko-białko. Masz dostęp do 59 milionów białek i ponad 20 miliardów interakcji z ponad 5000 organizmów. Wykonuj analizy wzbogacania funkcjonalnego (GO, KEGG, Pfam), odkrywaj partnerów interakcji, wizualizuj sieci białek i identyfikuj białka kluczowe w sieciach. Idealne do analiz szlaków metabolicznych, porównań międzygatunkowych i badania modułów funkcjonalnych.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude, upewniając się, że masz dostęp do pliku scripts/string_api.py zawierającego funkcje pomocnicze do operacji REST API bazy STRING. 2. Rozpocznij analizę od mapowania identyfikatorów — przekonwertuj nazwy genów lub białek na identyfikatory STRING za pomocą funkcji string_map_ids(), podając nazwę białka (np. 'TP53') i kod gatunku (np. 9606 dla człowieka). Możesz mapować pojedyncze białka lub listy wielu białek jednocześnie. 3. Pobierz sieci interakcji dla zmapowanych białek, określając poziom pewności i typ dowodów, które chcesz uwzględnić w wynikach. 4. Wykonaj analizę wzbogacania funkcjonalnego na swoich listach białek, aby znaleźć znaczące moduły funkcjonalne i ścieżki biologiczne. 5. Wizualizuj wynikowe sieci białek z kodowaniem kolorami opartym na dowodach i połączeniach, aby lepiej zrozumieć strukturę sieci. 6. W razie potrzeby skonsultuj plik references/string_reference.md z pełną dokumentacją specyfikacji API, aby dostosować parametry zapytań do swoich potrzeb badawczych.