reactome-database
Analizuj szlaki biologiczne i mapuj geny za pomocą bazy Reactome
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Reactome to otwarta baza danych zawierająca ponad 2800 szlaków biologicznych człowieka. Umożliwia przeprowadzenie analizy wzbogacenia ścieżek, mapowania genów na szlaki, analizy ekspresji genów oraz badania interakcji molekularnych. Dostęp do danych uzyskujesz przez REST API i bibliotekę Pythona, idealne do badań biologii systemowej, identyfikacji istotnych szlaków w danych ekspresji oraz eksploracji mechanizmów chorób.
Jak używać
Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude/Copilot, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates i ścieżkę cli-tool/components/skills/scientific/reactome-database.
Przygotuj listę genów lub białek, które chcesz przeanalizować. Możesz pracować z danymi ekspresji genów lub prostą listą identyfikatorów.
Użyj Content Service (https://reactome.org/ContentService) do pobrania informacji o szlakach biologicznych — możesz wyszukiwać konkretne szlaki, reaktancje, kompleksy lub cząsteczki uczestniczące w procesach biologicznych.
Dla analizy statystycznej zastosuj Analysis Service — wybierz typ analizy (overrepresentation analysis dla list genów lub expression data analysis dla danych ekspresji) i prześlij swoje dane.
Przeanalizuj wyniki, aby zidentyfikować statystycznie istotne szlaki biologiczne powiązane z Twoimi danymi. Wyniki możesz wizualizować w Reactome Pathway Browser.
Jeśli pracujesz z wieloma organizmami, wykorzystaj funkcję porównania szlaków między gatunkami, aby zrozumieć ewolucyjne różnice w procesach biologicznych.