pydicom

Pydicom to biblioteka Pythona do pracy z plikami DICOM – standardowym formatem danych medycznych obrazowania. Umożliwia odczyt i zapis plików DICOM, ekstrakcję danych pikseli z tomografii, rezonansu magnetycznego, zdjęć rentgenowskich i ultrasonografii, anonimizację danych pacjentów, pracę z metadanymi i tagami DICOM, konwersję obrazów do innych formatów oraz obsługę skompresowanych danych. Idealna dla analityki obrazów medycznych, systemów PACS, przepływów pracy w radiologii i aplikacji opieki zdrowotnej.

1. Zainstaluj pydicom wraz z zależnościami: uruchom uv pip install pydicom, a następnie uv pip install pillow numpy matplotlib do konwersji formatów i manipulacji danymi pikseli. 2. Jeśli pracujesz z plikami DICOM o skompresowanych danych, doinstaluj obsługę kodowania: uv pip install pylibjpeg pylibjpeg-libjpeg pylibjpeg-openjpeg dla kompresji JPEG lub uv pip install python-gdcm jako alternatywę. 3. Wczytaj plik DICOM za pomocą funkcji pydicom.dcmread(), podając ścieżkę do pliku – zwraca obiekt zawierający wszystkie metadane i dane pikseli. 4. Dostęp do metadanych i tagów DICOM poprzez atrybuty obiektu, np. dataset.PatientName, dataset.PatientID czy dataset.pixel_array dla danych obrazu. 5. Wykonaj operacje takie jak anonimizacja (usunięcie danych pacjenta), ekstrakcja pikseli do przetwarzania, konwersja do formatów PNG/JPG za pomocą Pillow, lub rekonstrukcja wielowarstwowych tomów z sekwencji DICOM. 6. Zapisz zmodyfikowany plik DICOM funkcją dataset.save_as() lub wyeksportuj dane do innego formatu w zależności od potrzeb przepływu pracy w systemie PACS lub badań medycznych.