pubchem-database
Przeszukuj bazę 110M+ związków chemicznych, znajdź struktury i właściwości molekularne
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umożliwia dostęp do PubChem, największej wolnej bazy danych związków chemicznych na świecie. Wyszukuj związki po nazwie, identyfikatorze CID lub strukturze SMILES, pobieraj właściwości molekularne takie jak masa cząsteczkowa czy LogP, wykonuj wyszukiwania podobieństwa i podstruktury, oraz dostęp do danych bioaktywności z testów. Idealne dla cheminformatyki, przeszukiwania leków i analizy właściwości chemicznych w dużych zbiorach danych.
Jak używać
Zainstaluj bibliotekę PubChemPy za pomocą pip install pubchempy, która umożliwia komunikację z bazą PubChem poprzez API PUG-REST.
Wyszukaj związek chemiczny po nazwie, importując pubchempy i wywołując pcp.get_compounds('nazwa_związku', 'name'), co zwróci listę pasujących związków. Dla aspiryny użyj pcp.get_compounds('aspirin', 'name').
Alternatywnie wyszukaj po identyfikatorze CID (Compound ID) za pomocą pcp.Compound.from_cid(2244), gdzie 2244 to CID aspiryny, lub po strukturze SMILES podając notację SMILES jako drugi parametr.
Pobierz właściwości molekularne znalezionego związku, takie jak masa cząsteczkowa, LogP czy topologiczna powierzchnia polarna, które są dostępne jako atrybuty obiektu związku.
Wykonaj wyszukiwania zaawansowane: dla podobnych związków użyj similarity search, dla motywów strukturalnych użyj substructure search, podając odpowiednią strukturę referencyjną.
Dla przetwarzania wielu związków jednocześnie iteruj po liście identyfikatorów lub struktur, wykonując zapytania w pętli, co pozwala na screening drug-likeness lub analizę właściwości w dużych zbiorach danych.