pdb-database

Skill umożliwia przeszukiwanie światowego repozytorium RCSB PDB zawierającego ponad 200 000 struktur 3D białek i kwasów nukleinowych. Wyszukuj struktury według tekstu, sekwencji aminokwasów lub podobieństwa strukturalnego. Pobieraj pliki współrzędnych w formatach PDB, mmCIF i BinaryCIF. Odzyskuj metadane, informacje o metodach eksperymentalnych i wskaźniki jakości struktur. Idealny dla naukowców zajmujących się biologią strukturalną, inżynierią białek i odkrywaniem nowych leków, którzy chcą zintegrować dane PDB z własnymi obliczeniami.

1. Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude, dodając go do konfiguracji agenta lub systemu MCP. Upewnij się, że masz dostęp do biblioteki rcsbapi, która obsługuje komunikację z API RCSB PDB.

2. Aby wyszukać struktury po tekście, użyj TextQuery z nazwą białka lub słowami kluczowymi — na przykład wpisz "hemoglobin" i skill zwróci listę wszystkich pasujących wpisów PDB z liczbą znalezionych struktur.

3. Dla bardziej precyzyjnego wyszukiwania zastosuj AttributeQuery, aby filtrować struktury według konkretnych właściwości, takich jak organizm źródłowy (np. "Homo sapiens"), rozdzielczość eksperymentalna czy metoda badania (rentgenografia, krioEM).

4. Jeśli posiadasz sekwencję aminokwasów, użyj SequenceQuery do wyszukiwania struktur o podobnej sekwencji — skill porówna twoją sekwencję z bazą i zwróci struktury o wysokim podobieństwie.

5. Po znalezieniu interesujących cię struktur pobierz pliki współrzędnych w wybranym formacie (PDB, mmCIF lub BinaryCIF) oraz metadane zawierające informacje o metodzie eksperymentalnej, rozdzielczości i autorach badania.

6. Zintegruj pobrane dane z twoim workflow obliczeniowym — skill wspiera operacje wsadowe na wielu strukturach, co ułatwia automatyzację analiz dla projektów bioinformatycznych i odkrywania leków.