omero-integration
Zarządzaj danymi mikroskopowymi, analizuj obrazy i organizuj adnotacje w jednej platformie
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Integracja z OMERO to umiejętność do pracy z otwartą platformą do zarządzania danymi mikroskopowymi. Dostęp do obrazów przez Python API, pobieranie zbiorów danych, analiza pikseli, zarządzanie obszarami zainteresowania (ROI) i adnotacjami. Idealna dla badaczy zajmujących się screeningiem wysokowydajnym i analizą obrazów mikroskopowych. Obsługuje przetwarzanie wsadowe i przechowywanie wyników pomiarów w tabelach OMERO.
Jak używać
Zainstaluj bibliotekę omero-py, która jest wymagana do komunikacji z serwerem OMERO. Upewnij się, że masz dostęp do działającego serwera OMERO oraz dane logowania (nazwa użytkownika i hasło).
Nawiąż połączenie z serwerem OMERO, podając adres serwera i poświadczenia. Umiejętność obsługuje zarówno nowe sesje, jak i ponowne użycie istniejących identyfikatorów sesji. Po połączeniu możesz przełączać się między kontekstami grup, jeśli masz dostęp do wielu grup.
Pobierz dane z hierarchicznej struktury OMERO: najpierw projekty, następnie zbiory danych, a na końcu obrazy. Możesz również pracować z danymi screeningu (ekrany → płytki → studnie). Umiejętność pozwala na wyszukiwanie obiektów po identyfikatorach lub atrybutach oraz dostęp do metadanych.
Analizuj piksele obrazów i twórz obrazy pochodne. Możesz również tworzyć lub zarządzać obszarami zainteresowania (ROI) na obrazach mikroskopowych oraz dodawać adnotacje, tagi i metadane do obiektów OMERO.
Przechowuj wyniki pomiarów w tabelach OMERO i twórz skrypty po stronie serwera do przetwarzania wsadowego. Jest to szczególnie przydatne w przepływach pracy związanych z screeningiem wysokowydajnym, gdzie musisz przetwarzać wiele obrazów jednocześnie.