molfeat

Molfeat to biblioteka Pythona do featuryzacji molekularnej, która ujednolica ponad 100 wstępnie wytrenowanych embeddingów i ręcznie opracowanych featurizerów. Konwertuj łańcuchy SMILES lub molekuły RDKit na reprezentacje numeryczne gotowe do zadań uczenia maszynowego: modelowania QSAR, predykcji właściwości, wirtualnego screeningu czy analizy przestrzeni chemicznej. Narzędzie oferuje szybkie przetwarzanie równoległe, transformatory kompatybilne z scikit-learn i wbudowaną pamięć podręczną.

1. Zainstaluj molfeat za pomocą menedżera pakietów: uruchom uv pip install molfeat. Jeśli potrzebujesz pełnego zestawu featurizerów (w tym modele transformerów takie jak ChemBERTa), użyj uv pip install "molfeat[all]". Dla konkretnych modeli możesz zainstalować tylko potrzebne zależności, np. molfeat[transformer] dla modeli opartych na transformerach.
2. Zaimportuj klasę Calculator z molfeat.calc – to główny interfejs do featuryzacji. Calculatory to obiekty, które konwertują pojedyncze molekuły na wektory cech. Mogą przyjmować zarówno obiekty RDKit Chem.Mol jak i łańcuchy SMILES.
3. Wybierz odpowiedni featurizer w zależności od zadania: dla QSAR i predykcji właściwości użyj deskryptorów molekularnych lub ECFP, dla głębokich sieci neuronowych rozważ pretrenowane embeddingi takie jak ChemBERTa, dla wirtualnego screeningu i wyszukiwania podobieństwa użyj fingerprint'ów takich jak MACCS.
4. Utwórz instancję wybranego calculatora i przekaż mu molekułę lub SMILES: features = calculator(smiles_string). Wynik to wektor numeryczny gotowy do użycia w modelu uczenia maszynowego.
5. Jeśli przetwarzasz wiele molekuł, skorzystaj z wbudowanego przetwarzania równoległego i pamięci podręcznej – molfeat automatycznie optymalizuje wydajność dla dużych zbiorów danych.
6. Zintegruj otrzymane cechy z pipelineami scikit-learn lub frameworkami do głębokich sieci neuronowych (TensorFlow, PyTorch) w zależności od wybranego algorytmu uczenia maszynowego.