latchbio-integration

Latch to framework Pythona do tworzenia i uruchamiania bioinformatycznych workflow'ów jako serwisów bezserwerowych. Definiujesz pipeline'y za pomocą dekoratorów @workflow i @task, zarządzasz danymi w chmurze poprzez LatchFile i LatchDir, a platforma automatycznie konteneryzuje kod i generuje interfejsy użytkownika. Obsługuje natywny Python, Nextflow i Snakemake. Zawiera gotowe pipeline'y do RNA-seq, analizy białek (AlphaFold), single-cell genomiki i CRISPR.

1. Zainstaluj Latch SDK poleceniem python3 -m uv pip install latch, a następnie zaloguj się do platformy za pomocą latch login — będziesz potrzebować konta na Latch.
2. Zainicjuj nowy projekt workflow'u komendą latch init my-workflow, która utworzy strukturę katalogów i pliki szablonów.
3. Zdefiniuj swój workflow w Pythonie, używając dekoratora @workflow dla głównego pipeline'u i @task dla poszczególnych etapów przetwarzania danych — każde zadanie może pracować z LatchFile (pojedyncze pliki) lub LatchDir (katalogi).
4. Skonfiguruj zasoby obliczeniowe, wybierając predefiniowane dekoratory (@small_task, @large_gpu_task) lub określając własne wymagania CPU, pamięci i GPU.
5. Zarejestruj workflow na platformie poleceniem latch register my-workflow — Latch automatycznie konteneryzuje kod, wersjonuje go i generuje interfejs webowy.
6. Uruchamiaj pipeline'y poprzez interfejs webowy platformy lub API, przekazując dane wejściowe; platforma zarządza transferem plików między lokalnym systemem a chmurą oraz skalowaniem zasobów.