hmdb-database
Przeszukuj bazę 220 tys. metabolitów – struktury, spektra, biomarkery i szlaki metaboliczne
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umożliwia dostęp do Human Metabolome Database (HMDB), kompleksowego zasobu zawierającego informacje o ponad 220 tysiącach metabolitów występujących w organizmie człowieka. Wyszukuj metabolity po nazwie, identyfikatorze lub strukturze chemicznej, pobieraj dane o właściwościach chemicznych, biomarkerach, spektrach NMR i MS, szlakach metabolicznych oraz powiązaniach z bazami zewnętrznymi. Narzędzie wspiera metabolomikę, chemię kliniczną, odkrywanie biomarkerów i identyfikację metabolitów.
Jak używać
Zainstaluj skill hmdb-database w swoim środowisku Claude lub Codex, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates.
Przygotuj zapytanie – możesz wyszukiwać metabolity na kilka sposobów: po nazwie (np. "glucose"), po identyfikatorze HMDB (np. "HMDB0000001"), po powiązaniu z chorobą lub szlakiem metabolicznym, albo po typie próbki biologicznej (mocz, surowica, płyn mózgowo-rdzeniowy).
Wykonaj wyszukiwanie tekstowe poprzez skill – podaj nazwę metabolitu lub jego synonim. Skill zwróci podstawowe dane z bazy, w tym identyfikator HMDB, formułę chemiczną, masę cząsteczkową i powiązane szlaki.
Dla wyszukiwania strukturalnego użyj notacji SMILES lub InChI – skill obsługuje zapytania oparte na strukturze chemicznej, co pozwala znaleźć metabolity podobne do podanego związku lub wyszukać w zakresie masy cząsteczkowej.
Pobierz szczegółowe dane – skill udostępnia dostęp do ponad 130 pól danych na metabolit, w tym spektra NMR, dane spektrometryczne MS/MS, informacje o biomarkerach klinicznych, stężenia normy i patologiczne oraz powiązania z bazami KEGG, PubChem, MetaCyc i innymi.
Wykorzystaj wyniki do analizy metabolomicznej – dane z HMDB wspierają identyfikację nieznanych metabolitów, badania biomarkerów chorobowych oraz mapowanie szlaków metabolicznych zaangażowanych w procesy biologiczne.