Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
gget to narzędzie CLI i pakiet Pythona do szybkich zapytań bioinformatycznych. Uzyskaj dostęp do ponad 20 baz danych: informacji o genach (Ensembl, UniProt), struktur białek (AlphaFold), danych ekspresji (ARCHS4), adnotacji (Enrichr, OpenTargets), mutacji (COSMIC) oraz pobrań genomów. Idealne do szybkich wyszukiwań BLAST i analiz sekwencji. Wszystkie moduły działają zarówno z linii poleceń, jak i jako funkcje Pythona, zwracając wyniki w formacie JSON, CSV lub DataFrame.
Jak używać
Zainstaluj gget w czystym środowisku wirtualnym, aby uniknąć konfliktów zależności. Użyj polecenia
uv pip install gget(rekomendowane) lubpip install --upgrade gget. W Pythonie lub Jupyter zaimportuj pakiet:import gget.Poznaj podstawową składnię. Z linii poleceń używaj
gget <moduł> [argumenty] [opcje]. W Pythonie wywołaj funkcję:gget.moduł(argumenty, opcje). Wyniki domyślnie zwracane są jako JSON (CLI) lub DataFrame/słownik (Python).Pobierz genom referencyjny za pomocą modułu
ref. Przykład:gget ref homo_sapienszwróci linki do pobrania i metadane genomu człowieka. Użyj flagi-waby wybrać konkretne typy plików (gtf, dna, pep itp.).Wykonaj wyszukiwanie BLAST dla szybkiego porównania sekwencji. Moduł
blastjest preferowany do szybkich zapytań; dla zaawansowanego przetwarzania wsadowego rozważ biopython.Zapytaj o informacje o genach, strukturach białek lub danych ekspresji, wybierając odpowiedni moduł (np. gene info, AlphaFold, ARCHS4). Wszystkie moduły obsługują flagi
-o(zapis do pliku) i-csv(format CSV w CLI).Pamiętaj, że bazy danych są regularnie aktualizowane. gget jest testowany co dwa tygodnie i aktualizowany, aby dopasować się do nowych struktur baz danych.