geo-database

Umiejętność pozwala przeszukiwać i pobierać dane ekspresji genów z publicznego repozytorium NCBI Gene Expression Omnibus. Wyszukuj eksperymenty mikroarray'owe i RNA-seq, pobieraj pliki SOFT i Matrix, oraz integruj dane genomiczne w analizy transkryptomiczne. Dostęp do ponad 264 tysięcy badań i 8 milionów próbek biologicznych zorganizowanych hierarchicznie – serie (GSE), próbki (GSM), platformy (GPL) i zestawy danych (GDS).

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude lub Codex, dodając ją do konfiguracji agenta jako skill naukowy do analizy genomicznej.

2. Zidentyfikuj typ danych, który Cię interesuje – serie (GSE) dla pełnych eksperymentów, próbki (GSM) dla pojedynczych replik biologicznych, platformy (GPL) dla informacji o technologii sekwencjonowania lub mikroarray'u, albo zestawy danych (GDS) dla już przetworzonych i porównywalnych próbek.

3. Wyszukaj dane w bazie GEO, używając numeru akcesu (np. GSE123456 dla serii) lub nazwy genu – umiejętność obsługuje zapytania po identyfikatorach akcesu i profilach genów.

4. Pobierz pliki surowe lub przetworzone – umiejętność umożliwia pobranie plików SOFT (format tekstowy metadanych) i Matrix (dane ekspresji w formacie tabelarycznym) dla wybranego eksperymentu.

5. Zintegruj pobrane dane w swoją analizę transkryptomiczną – wykorzystaj pobrane pliki do porównawczych analiz ekspresji genów, badania profili ekspresji lub dalszych obliczeń bioinformatycznych.

6. Jeśli pracujesz z wieloma eksperymentami, zacznij od zestawów danych (GDS), które są już wstępnie przetworzane i sformatowane dla analiz porównawczych, co przyspiesza workflow.