flowio

FlowIO to lekka biblioteka Python do odczytywania i przetwarzania plików FCS (Flow Cytometry Standard) w wersjach 2.0, 3.0 i 3.1. Ekstrahuj zdarzenia jako tablice NumPy, czytaj metadane i informacje o kanałach, konwertuj dane do formatu CSV lub DataFrame. Idealna do przygotowania danych cytometrycznych przed zaawansowaną analizą — wymaga minimalnych zależności i działa z Python 3.9+. Obsługuje walidację plików, separację wielozbiorcowych zestawów danych oraz eksport do nowych plików FCS.

1. Zainstaluj bibliotekę FlowIO za pomocą polecenia uv pip install flowio (wymagany Python 3.9 lub nowszy). 2. Zaimportuj moduł FlowData: from flowio import FlowData i wczytaj plik FCS poleceniem flow_data = FlowData('experiment.fcs'). 3. Sprawdź podstawowe informacje o pliku — wersję FCS, liczbę zdarzeń i etykiety kanałów za pomocą atrybutów flow_data.version, flow_data.event_count i flow_data.pnn_labels. 4. Ekstrahuj dane zdarzeń jako tablicę NumPy (wymiary: liczba zdarzeń × kanały) poleceniem events = flow_data.as_array(). 5. Aby utworzyć nowy plik FCS, przygotuj dane w postaci tablicy NumPy i listę nazw kanałów, następnie użyj funkcji create_fcs('output.fcs', data, channels) z modułu flowio. 6. Wykorzystaj wyekstrahowane dane do dalszych operacji — konwersji do DataFrame, eksportu do CSV lub przekazania do narzędzi analizy zaawansowanej takich jak FlowKit.