esm
Projektuj białka z AI — generuj sekwencje, struktury i funkcje za pomocą modeli ESM3 i ESM C.
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Kompleksowy zestaw narzędzi do pracy z modelami językowymi białek. Wykorzystaj ESM3 do generatywnego projektowania białek na podstawie sekwencji, struktury i funkcji, lub ESM C do wydajnych reprezentacji i osadzań. Idealne do przewidywania funkcji białek, projektowania nowych wariantów, odwrotnego składania oraz inżynierii białkowej. Pracuj lokalnie na GPU lub skaluj obliczenia przez chmurowe API Forge.
Jak używać
Zainstaluj pakiet ESM i jego zależności (PyTorch, CUDA jeśli pracujesz lokalnie). Pobierz model ESM3 lub ESM C za pomocą predefiniowanych ścieżek (np. "esm3-sm-open-v1" dla wersji lokalnej lub "esm3-medium-2024-08" dla Forge API).
Aby generować sekwencje białek lokalnie, zaimportuj ESM3InferenceClient i załaduj model na GPU poleceniem
.to("cuda"). Utwórz obiekt ESMProtein z częściową sekwencją, gdzie znaki podkreślenia (_) oznaczają pozycje do uzupełnienia.Wywołaj metodę
model.generate()z konfiguracją GenerationConfig, określając tryb (np. "sequence" do generacji sekwencji) i liczbę kroków iteracji. Model zwróci uzupełnioną sekwencję białka.Dla pracy w chmurze zamiast lokalnego modelu użyj ESM3ForgeInferenceClient, połącz się z API Forge podając URL i identyfikator modelu, a następnie wykonaj generację w ten sam sposób — interfejs API obsługuje te same operacje.
Eksperymentuj z różnymi konfiguracjami: zmień liczbę kroków generacji, spróbuj różnych trybów (struktura, funkcja) lub użyj modelu ESM C do obliczania osadzań dla istniejących sekwencji białek bez generacji nowych.
Dla zadań inżynierii białkowej (odwrotne składanie, projektowanie wariantów) przygotuj dane wejściowe w formacie ESMProtein i iteracyjnie refine wyniki, dostosowując parametry GenerationConfig na podstawie otrzymanych rezultatów.