ensembl-database
Przeszukuj bazę genomów Ensembl dla 250+ gatunków — geny, sekwencje, warianty i ortologi w jednym miejscu.
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umiejętność do zapytań REST API bazy danych Ensembl, utrzymywanej przez EMBL-EBI. Wyszukuj informacje o genach po symbolu lub ID Ensembl, pobieraj sekwencje DNA, transkrypty i białka, analizuj warianty genetyczne za pomocą Variant Effect Predictora (VEP), znajduj ortologi i paralogi między gatunkami, oraz wykonuj analizy genomiki porównawczej. Baza zawiera dane dla ponad 250 gatunków kręgowców w wydaniu 115 (wrzesień 2025). Idealna do integracji danych Ensembl w badaniach genomicznych i bioinformatycznych.
Jak używać
Zainstaluj pakiet ensembl_rest za pomocą pip: pip install ensembl-rest. Alternatywnie możesz wysyłać żądania bezpośrednio do REST API Ensembl bez dodatkowych bibliotek, używając requests lub innego klienta HTTP.
Zainicjuj klienta Ensembl w swoim kodzie: from ensembl_rest import EnsemblClient; client = EnsemblClient(). Serwer API znajduje się pod adresem https://rest.ensembl.org.
Wyszukaj gen po symbolu, np. BRCA2 lub TP53, używając metody symbol_lookup(species='human', symbol='BRCA2'). Otrzymasz podstawowe informacje o genie, w tym jego położenie chromosomowe i identyfikatory w zewnętrznych bazach danych.
Pobierz szczegółowe informacje o genie za pomocą lookup_id(), podając ID Ensembl (np. ENSG00000139618 dla BRCA2) i parametr expand=True, aby uzyskać transkrypty, białka i dodatkowe adnotacje.
Dla bardziej zaawansowanych analiz użyj Variant Effect Predictora (VEP) do analizy wariantów genetycznych lub wyszukaj ortologi i paralogi między gatunkami, aby porównać geny w różnych organizmach.
Zintegruj pobrane dane z Ensembl w swoim potoku badawczym — API zwraca dane w formacie JSON, które łatwo przetwarzać w Pythonie lub innych narzędziach bioinformatycznych.