ena-database
Pobieraj sekwencje DNA/RNA z europejskiego archiwum nukleotydów bezpośrednio do swoich analiz
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Skill umożliwia dostęp do Europejskiego Archiwum Nukleotydów (ENA) poprzez API i FTP. Pobieraj sekwencje DNA i RNA, surowe odczyty w formacie FASTQ, montaże genomów i dane funkcjonalne na podstawie numeru dostępu. Narzędzie wspiera wiele formatów plików i integruje się z bioinformatycznymi pipelinami. Przeszukuj próbki, projekty badawcze i organizmy według kryteriów metadanych, a następnie pobieraj zbiory danych masowo za pośrednictwem FTP lub Aspery.
Jak używać
Zainstaluj skill w swoim środowisku Claude lub Codex, wskazując repozytorium davila7/claude-code-templates i ścieżkę cli-tool/components/skills/scientific/ena-database.
Przygotuj identyfikator dostępu (accession number) sekwencji, którą chcesz pobrać — może to być numer projektu (Study), próbki (Sample), przebiegu sekwencjonowania (Run) lub montażu genomu (Assembly). Numery te znajdziesz w bazie ENA lub w publikacjach naukowych.
Użyj API REST archiwum do wyszukania danych — podaj numer dostępu lub kryteria wyszukiwania (np. organizm, typ danych), aby uzyskać metadane i informacje o dostępnych plikach.
Wybierz format pobierania: surowe odczyty w FASTQ dla danych sekwencjonowania, montaż genomu w formacie FASTA dla sekwencji zmontowanych, lub dane funkcjonalne w formacie EMBL dla adnotacji. Skill obsługuje wszystkie te formaty.
Pobierz pliki za pośrednictwem FTP lub Aspery — dla małych zbiorów użyj bezpośredniego pobierania przez API, dla dużych zbiorów danych skorzystaj z transferu FTP lub Aspery w celu przyspieszenia procesu.
Zintegruj pobrane dane z twoim bioinformatycznym pipelinenem — pliki są gotowe do dalszej analizy, wyrównania sekwencji, montażu lub adnotacji funkcjonalnej.