dnanexus-integration

Umiejętność Claude do pracy z platformą DNAnexus — chmurowym rozwiązaniem do analizy danych biomedycznych i genomiki. Tworzysz i wdrażasz aplikacje (apps/applets), zarządzasz plikami FASTQ, BAM, VCF, uruchamiasz przepływy pracy oraz piszesz skrypty w Pythonie za pomocą SDK dxpy. Idealne do opracowywania potków bioinformatycznych, przetwarzania danych, kontroli jakości i konwersji formatów. Obsługuje zarządzanie projektami, uprawnieniami i zasobami platformy.

1. Zainstaluj umiejętność w swoim środowisku Claude, dodając ją do konfiguracji agenta. Upewnij się, że masz dostęp do konta DNAnexus i zainstalowany SDK dxpy na swoim systemie.

2. Aby utworzyć nową aplikację, poproś Claude o wygenerowanie szkieletu aplikacji za pomocą dx-app-wizard. Określ typ aplikacji (Python lub Bash), punkty wejścia i wyjścia danych, a Claude pomoże Ci skonfigurować strukturę projektu i plik dxapp.json.

3. Do zarządzania danymi użyj operacji takich jak upload i download plików. Claude może wygenerować kod wykorzystujący dxpy.upload_local_file() do przesyłania plików FASTQ, BAM lub VCF oraz dxpy.download_dxfile() do pobierania wyników analiz z platformy.

4. Aby uruchomić analizę, poproś Claude o napisanie skryptu dxpy, który uruchamia aplikację lub przepływ pracy. Możesz monitorować status zadań i pobierać wyniki po ich zakończeniu.

5. Do wdrożenia aplikacji użyj polecenia dx build (dla appletów) lub dx build --app (dla aplikacji). Claude pomoże Ci obsługiwać zależności, konfigurować Docker i testować aplikację na platformie DNAnexus.

6. W przypadku złożonych potoków genomicznych Claude może pomóc w tworzeniu przepływów pracy łączących wiele aplikacji, zarządzaniu uprawnieniami do projektów i optymalizacji przetwarzania dużych zbiorów danych bioinformatycznych.