data-export-excel
Eksportuj wyniki analiz i tabele danych do Excela – działa z każdym dostawcą LLM
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Umiejętność eksportu danych bioinformatycznych, wyników analiz i sformatowanych tabel do profesjonalnych arkuszy kalkulacyjnych Excel. Wykorzystuje bibliotekę openpyxl i wykonuje się lokalnie w Twoim środowisku, co zapewnia kompatybilność ze wszystkimi dostawcami LLM – GPT, Gemini, Claude, DeepSeek i Qwen. Idealna do eksportu obserwacji AnnData, wyników analiz DEG, statystyk klastrów oraz tworzenia wieloarkuszowych skoroszytów z niestandardowym formatowaniem komórek.
Jak używać
Zainstaluj bibliotekę openpyxl w swoim środowisku Python (jeśli jeszcze jej nie masz), a następnie zaimportuj wymagane moduły: openpyxl, Workbook, style (Font, PatternFill, Alignment, Border, Side), dataframe_to_rows z openpyxl.utils, pandas i numpy.
Przygotuj dane do eksportu, konwertując je do formatu pandas DataFrame – możesz eksportować obserwacje z AnnData (.obs), zmienne (.var), wyniki analiz DEG (geny, log2FC, wartości p) lub statystyki klastrów uzyskane przez grupowanie danych.
Utwórz nowy skoroszyt Excel za pomocą klasy Workbook, a następnie dodaj arkusz (worksheet) i nadaj mu nazwę. Następnie wpisz dane z DataFrame do arkusza, używając funkcji dataframe_to_rows, która automatycznie obsługuje nagłówki i wiersze danych.
(Opcjonalnie) Dodaj formatowanie do arkusza – stylizuj wiersz nagłówka za pomocą PatternFill (kolor tła), Font (czcionka), Alignment (wyrównanie) i Border (obramowanie). Możesz również dostosować szerokość kolumn i wysokość wierszy, aby poprawić czytelność raportu.
Zapisz skoroszyt na dysku, podając ścieżkę pliku i nazwę – plik będzie gotowy do otwarcia w dowolnym programie obsługującym format Excel.