cosmic-database
Dostęp do bazy mutacji nowotworowych COSMIC dla badań onkologicznych i medycyny precyzyjnej
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Skill umożliwia programowy dostęp do bazy COSMIC — największej światowej kolekcji somatycznych mutacji w nowotworach. Pobieraj dane o milionach mutacji, geny z Cancer Gene Census, profile sygnatur mutacyjnych, warianty strukturalne i fuzje genów. Idealne dla badaczy zajmujących się genomika nowotworów, bioinformatyką i onkologią precyzyjną. Wymaga rejestracji i uwierzytelnienia na platformie COSMIC.
Jak używać
Zarejestruj się na stronie https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/register — użytkownicy akademiccy otrzymują bezpłatny dostęp, użytkownicy komercyjni muszą uzyskać licencję od QIAGEN.
Zainstaluj wymagane zależności Python: uruchom polecenie
uv pip install requests pandasw swoim środowisku.Przygotuj skrypt pobierania danych, importując funkcję
download_cosmic_filez modułuscripts.download_cosmic.Wywołaj funkcję z parametrami: adres e-mail i hasło do konta COSMIC, ścieżka do pliku danych (np. "GRCh38/cosmic/latest/CosmicMutantExport.tsv.gz") oraz nazwa pliku wyjściowego.
Plik z danymi mutacji zostanie pobrany i zapisany lokalnie — możesz go następnie zintegrować z pipeline'em bioinformatycznym lub analizować w narzędziach takich jak pandas.
Dla zaawansowanych zastosowań możesz pobierać różne typy danych: Cancer Gene Census, profile sygnatur mutacyjnych, warianty strukturalne, alteracje liczby kopii lub dane linii komórkowych nowotworowych.