cobrapy
Modelowanie metaboliczne oparte na ograniczeniach dla analiz biologii systemowej i inżynierii metabolicznej.
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
COBRApy to biblioteka Pythona do rekonstrukcji i analizy modeli metabolicznych w skali genomu. Umożliwia załadowanie istniejących modeli z repozytoriów, przeprowadzenie symulacji metabolizmu komórkowego, analizę inżynierii metabolicznej oraz przewidywanie zachowań fenotypowych. Pracuj z modelami SBML, JSON i YAML, wykonuj analizy FBA i FVA, symuluj knockouty genów oraz pobieranie strumieni metabolicznych. Narzędzie wspiera badania systemów biologicznych i optymalizację procesów biotechnologicznych.
Jak używać
Zainstaluj COBRApy jako zależność Pythona w swoim środowisku, a następnie zaimportuj niezbędne moduły z biblioteki cobra.io do pracy z modelami metabolicznymi.
Załaduj model metaboliczny z dostępnych szablonów testowych (np. model E. coli core o nazwie "textbook") lub wczytaj własny model z pliku w formacie SBML, JSON lub YAML, używając odpowiednich funkcji read_sbml_model, load_json_model lub load_yaml_model.
Dostęp do struktury modelu poprzez atrybuty reactions, metabolites i genes, aby przeglądać wszystkie komponenty modelu lub pobrać konkretne elementy po identyfikatorze.
Przeprowadź analizy metaboliczne, takie jak FBA (Flux Balance Analysis) lub FVA (Flux Variability Analysis), aby symulować metabolizm komórkowy i przewidywać przepływy metabolitów w różnych warunkach.
Wykonaj analizy inżynierii metabolicznej, w tym symulacje knockoutów genów i pobieranie próbek strumieni, aby zidentyfikować potencjalne cele dla optymalizacji procesów biologicznych.
Zapisz wyniki analiz oraz zmodyfikowane modele w wybranym formacie (SBML dla wymiany danych, JSON dla kompatybilności z Escher, YAML dla czytelności) za pomocą funkcji write_sbml_model, save_json_model lub save_yaml_model.