cellxgene-census
Dostęp do 61 milionów komórek. Przeszukuj bazę danych genomiki jednokomórkowej, filtruj po typie komórki i chorobie.
Instalacja
Wybierz klienta i sklonuj repozytorium do odpowiedniego katalogu skilli.
Instalacja
O skillu
Skill umożliwia programowy dostęp do CZ CELLxGENE Census — kompleksowej bazy danych zawierającej ponad 61 milionów komórek z człowieka i myszy. Możesz wyszukiwać dane ekspresji genów, filtrować wyniki po typie komórki, tkance lub chorobie, oraz pobierać macierze ekspresji i wstępnie obliczone osadzenia. Dane zintegrowane są ze standardowymi metadanymi i kompatybilne z popularnymi narzędziami do analizy, takimi jak scanpy i PyTorch. Idealne do badań na dużą skalę i trenowania modeli uczenia maszynowego na danych jednokomórkowych.
Jak używać
Zainstaluj bibliotekę Census za pomocą polecenia: uv pip install cellxgene-census. Jeśli planujesz pracę z modelami uczenia maszynowego, dodaj flagę [experimental]: uv pip install cellxgene-census[experimental].
Otwórz Census przy użyciu context managera (instrukcja with), aby zapewnić prawidłowe zamknięcie zasobów. Możesz użyć najnowszej stabilnej wersji lub określić konkretną wersję, podając parametr census_version (np. "2023-07-25") dla powtarzalności wyników.
Przeszukuj dane, filtrując po interesujących Cię kryteriach — typ komórki, tkanka, choroba lub inny parametr metadanych. Census zwróci odpowiednie komórki z dostępnych zbiorów danych.
Pobierz macierze ekspresji genów dla wybranych komórek i zintegruj je z Twoim pipeline'em analizy — możesz pracować ze scanpy, PyTorch lub innymi narzędziami bioinformatycznymi.
Wykorzystaj wstępnie obliczone osadzenia i statystyki zawarte w Census do przyspieszenia analizy lub trenowania modeli na dużych populacjach komórek bez konieczności przetwarzania surowych danych od zera.