bio-ribo-seq-riboseq-preprocessing

Umiejętność do przetwarzania danych Ribo-seq, która automatyzuje całą ścieżkę przygotowania próbek. Obejmuje usuwanie adapterów 3' z fragmentów chronionych przez rybosomy, filtrowanie reads o długości 26–34 nukleotydów, eliminację zanieczyszczenia rRNA oraz wyrównanie do transkryptomu. Narzędzie łączy cutadapt, bowtie2 i STAR w jeden przepływ pracy, dając Ci oczyszczone pliki BAM gotowe do dalszej analizy translacji. Idealne dla badaczy zajmujących się bioinformatyką i genomią, którzy pracują z danymi profilowania rybosomalnego.

1. Sprawdź wersje zainstalowanych narzędzi: cutadapt (4.4+), bowtie2 (2.5.3+), STAR (2.7.11+), samtools (1.19+) oraz bibliotek Python (numpy 1.26+, pysam 0.22+). Uruchom polecenia typu cutadapt --version i pip show cutadapt, aby potwierdzić zgodność. Jeśli wersje się różnią, sprawdź dokumentację każdego narzędzia, aby dostosować flagi poleceń.

2. Przygotuj plik FASTQ z surowymi odczytami Ribo-seq oraz sekwencję adaptera 3', którą chcesz usunąć. Uruchom cutadapt z flagami -a (sekwencja adaptera), -m (minimalna długość, np. 20 nt) i -M (maksymalna długość, np. 40 nt). Polecenie usunie adaptery i odfiltruje fragmenty poza oczekiwanym zakresem rozmiaru.

3. Zastosuj selekcję rozmiaru, aby zachować tylko reads odpowiadające fragmentom chronionym przez rybosomy (typowo 28–32 nt). Użyj cutadapt z parametrami długości lub dedykowanego narzędzia do filtrowania, aby wybrać dokładny zakres nukleotydów dla Twojego eksperymentu.

4. Usuń zanieczyszczenie rRNA, wyrównując reads do bazy danych sekwencji rRNA za pomocą bowtie2. Reads, które wyrównają się do rRNA, odfiltruj; pozostałe reads przejdą do następnego kroku. Upewnij się, że masz zbudowany indeks bowtie2 dla bazy rRNA.

5. Wyrównaj pozostałe reads do transkryptomu lub genomu za pomocą STAR. Skonfiguruj STAR z odpowiednimi parametrami dla Ribo-seq (np. długość read-ów, liczba mismatchy) i wygeneruj plik BAM z wyrównaniami.

6. Przefiltruj wynik, aby zachować tylko reads o wysokiej jakości wyrównania, używając samtools. Posortuj i zaindeksuj ostateczny plik BAM, który będzie gotowy do analizy translacji w narzędziach takich jak Riboseq lub RiboTish.