adaptyv

Adaptyv to usługa laboratorium w chmurze, która automatyzuje testowanie i walidację białek. Prześlij sekwencje białkowe przez API lub interfejs webowy, a otrzymasz wyniki eksperymentów obejmujące testy wiązania, ekspresję, stabilność termiczną, aktywność enzymatyczną i optymalizację sekwencji. Narzędzie wspiera obliczeniową optymalizację białek za pomocą narzędzi takich jak NetSolP, SoluProt, SolubleMPNN i ESM, umożliwiając zarządzanie całymi przepływami pracy projektowania białek z walidacją w warunkach laboratoryjnych.

1. Skontaktuj się z support@adaptyvbio.com, aby uzyskać dostęp do API (platforma jest w fazie alfa/beta). Otrzymasz token dostępu, który należy zapisać.

2. Ustaw zmienną środowiskową ADAPTYV_API_KEY z otrzymanym tokenem. Możesz to zrobić w terminalu poleceniem export ADAPTYV_API_KEY="twój_token_tutaj" lub utworzyć plik .env z linią ADAPTYV_API_KEY=twój_token_tutaj.

3. Zainstaluj wymagane pakiety Python: requests i python-dotenv. Użyj polecenia uv pip install requests python-dotenv.

4. Przygotuj sekwencje białkowe w formacie FASTA (nagłówek rozpoczynający się od > i sekwencja aminokwasów). Określ typ eksperymentu, jaki chcesz przeprowadzić, na przykład binding, expression, thermostability lub enzyme_activity.

5. Wyślij eksperyment przez API, podając sekwencje, typ eksperymentu i opcjonalnie adres webhook do powiadomień. Otrzymasz identyfikator eksperymentu, który pozwoli śledzić status i pobierać wyniki po około 21 dniach.

6. Śledź postęp eksperymentu za pomocą identyfikatora i pobierz wyniki, gdy będą gotowe. Możesz również optymalizować sekwencje białkowe za pomocą dostępnych narzędzi obliczeniowych przed wysłaniem do walidacji laboratoryjnej.